La nostra chiesa nasce nel tredicesimo secolo come badia di Padri Basiliani provenienti dall'Oriente, che vi rimangono per qualche secolo. I monaci basiliani si ispirano alla regola di San Basilio, vissuto nel 300. Nella sua regola San Basilio invita i monaci non ad una vita solitaria, ma ad una preghiera e a un lavoro manuale (agricoltura, tessitura, falegnameria) fatto insieme agli altri monaci in comunità.

San Basilio a questo carattere di vita familiare aggiunge inoltre la volontà di far partecipare i monaci basiliani alla vita della Chiesa e la scelta di costruire i monasteri non nei luoghi deserti ma nelle vicinanze della città in modo da poter assistere poveri e malati.

L'Ordine Basiliano nasce e si diffonde in Oriente, ma a causa delle guerre iconoclaste e all'esodo da Costantinopoli intorno all'ottavo secolo d.C. arriva anche in Occidente, in particolar modo nel Sud Italia.

Una volta arrivati qui dovettero far attenzione alle scorrerie e ai saccheggi lungo le nostre coste da parte dei Saraceni, che erano soliti attaccare gli "infedeli".

Anche nella chiesa "Santa Maria di Talsano" c'è un particolare che testimonia la persecuzione nei confronti dei Padri Basiliani. Sulla piazzetta antistante la chiesa c'è infatti un pozzo, sul cui fondo c'è una galleria che i padri usavano per fuggire in caso di pericolo. Secondo alcune testimonianze questa galleria, sulle cui mura crescono piante di fichi d'india, dovrebbe terminare in una zona che si trova tra il cimitero e la "torre" Miraglia.

Era inoltre peculiarità dei Padri Basiliani costruire cripte decorate con affreschi iconografici e simbolici.

Anche sotto la chiesa "Santa Maria di Talsano" è presente una cripta in cui venivano seppelliti nobili ed ecclesiastici. Secondo alcune testimonianze oltre a sarcofagi di valore, ci sono pareti affrescate con dipinti probabilmente del periodo di Federico II.

Alcuni anni fa sono stati necessari lavori di ristrutturazione poiché il pavimento della chiesa si era deformato a causa delle esalazioni dei corpi defunti. Oltre al rifacimento totale della pavimentazione è stato cementato l'ingresso della cripta (che ora quindi è inaccessibile) e sono stati fatti dei fori per la fuoriuscita delle esalazioni.